微生物控制是在給水系統(tǒng)中對微生物的抑止。例如湖泊、水庫等水源中藻類等浮游生物的大量繁殖導(dǎo)致原水產(chǎn)生異味，并干擾水的過濾，于是投加硫酸銅或漂白粉以抑制微生物生長。又如敞開式循環(huán)冷卻水系統(tǒng)、紙廠循環(huán)白水系統(tǒng)中真菌、鐵細(xì)菌等的大量繁殖，導(dǎo)致設(shè)備的腐蝕和管道輸水能力的降低，于是投加氯、氯酚或季銨鹽等藥劑以抑制微生物生長。藥劑的投加常間歇進(jìn)行。

細(xì)菌都有一定的大小，如果過濾器的濾膜，或者濾柱，（或者其他的），孔徑小于細(xì)菌的直徑，那么當(dāng)液體或者氣體通過的時候，細(xì)菌就被擋住，過不去，那么過去的液體或者氣體，就是無菌的。一般小于0.22微米的孔，應(yīng)該就可以濾菌了。然而病毒因為其結(jié)構(gòu)微小，數(shù)量級為納米，所以可以通過細(xì)菌過濾器 。

細(xì)菌過濾過程

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